El clima en San Agustín es muy agradable, a pesar de que se encuentra dentro de una region humeda y con frecuentes lluvias.
La temperatura promedio es de 18°, y en las noches la temperatura baja haciendolas frias. Eso lo hace poseedor de una gran variedad de flora y fauna y suelos propicios para cultivos, principalmente de café.
Aquí nace el Río Magdalena en la laguna que lleva su mismo nombre, uno de los ríos más importantes de Colombia. Además 14 rios entre ellos el Majuas, Rionegro, Quinchana, Ovejeras, Mulales, Osoguaico y Mazamorras.
IMPORTANTE: las compras realizadas con tarjetas de crédito argentinas, se pagan en pesos argentinos a la cotización del "dólar tarjeta / turista"