El clima en Panajachel, Guatemala es un clima tropical con dos estaciones principales: la estación seca de noviembre a mayo es cálida y casi sin lluvias entre diciembre y marzo, mientras que la temporada lluviosa de mediados de mayo a mediados de octubre presenta lluvias fuertes, especialmente en septiembre.
En la temporada lluviosa los días pueden ser fríos, y como Lago Atitlán está en tierras altas, las noches pueden ser frías durante todo el año. Hay también una temporada ventosa entre noviembre y febrero, cuando los viajes en barco no son tan cómodos.
La temperatura media anual en Panajachel se encuentra a 19.3 °C. La precipitación es de 1490 mm al año y la diferencia en la precipitación entre el mes más seco y el mes más lluvioso es de 353 mm.
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