De acordo com a classificação climática de Köppen-Geiger Cwa o clima da Serra do Cipó é considerado o tropical de altitude, que inclusive predomina nos planaltos e serras do sudeste brasileiro, com o verão fresco, ocasião que as temperaturas raramente ultrapassam os 30º, e com a estação seca bem pronunciada, ou seja, o inverno é relativamente frio e a amplitude térmica anual não é muito elevada.
Entretanto, em virtude do ambiente montanhoso dessa região, as diferenças climáticas ao longo do espaço experimentam grandes variações, com isso abre-se, inclusive, a possibilidade de regiões muito próximas apresentarem climas muito distintos. Ademais, os reflexos disso são sentidos na vegetação, por exemplo, na transição cerrado-mata Atlântica, e em diversos outros componentes ambientais, tais como solo, hidrologia e nos padrões erosivos.
Ao longo de toda a região da Serra do Cipó a precipitação média anual situa-se entre 1.300 e 1.600 mm, sendo que a concentração ocorre nos meses de novembro a março. Contudo, é importante destacar, que em virtude da região ainda não possuir quantidade satisfatória de estações meteorológicas, pode ser que os valores médios de precipitação nas vertentes orientais, direcionadas para a bacia do rio Doce, sejam discrepantes daqueles acima assinalados.