Desde Posadas:
Conectada a través del puente carretero y ferroviario San Roque González de Santa Cruz, que cruza sobre el río Paraná.
En bus:
Cuenta con una terminal con salidas diarias a Asunción, Ciudad del Este, Bs As y a las principales ciudades de la región. También posee una red de colectivos internos llamados urbanos olíneas, de corta y media distancia que lo conectan a todas las localidades del Departamento y de la ciudad.
En avión:
Cuenta también con el Aeropuerto Tte. Amin. Ayub, ubicado a 12 kilómetros del centro.
En ferrocarril:
Actualmente por la antigüedad de la línea ferroviaria y la falta de mantenimiento se debió cesar de sus actividades.
En auto:
Encarnación cuenta con tres vías de acceso de suma importancia, a nivel nacional e internacional.
- Ruta 1: une Encarnación con Asunción.
- Ruta 6: une Encarnación con Ciudad del Este.
- Puente internacional San Roque González de Santa Cruz: une Encarnación con Posadas, Argentina .
IMPORTANTE: las compras realizadas con tarjetas de crédito argentinas, se pagan en pesos argentinos a la cotización del "dólar tarjeta / turista"