Iquitos experimenta un clima ecuatorial con precipitaciones constantes por lo que no hay una estación seca (Promedio de 2616,2 mm por año) y las temperaturas que van desde los 21 °C a 33 °C.
Durante el invierno (noviembre a mayo) abudan las lluvias y en mayo el Amazonas alcanza sus niveles más altos, cayendo constantemente unos 9 metros ó 12 metros a su punto más bajo en octubre.
El verano si bien mantienen algunos períodos de lluvias, predominan los días soleados y el buen tiempo.
Iquitos también experimenta microclimas, la lluvia puede estar presente en algunas zonas de los distritos, mientras otros lugares de la ciudad se encuentran ligeramente nublados o despejados.
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