Vía avión
El aeropuerto más cercano es el Internacional Coronel FAP Francisco Secada Vignetta, que opera con vuelos nacionales e internacionales. Llegan/Salen vuelos directos en diferentes días desde Panamá, USA, México, Canada, America Central & Caribe Colombia, Ecuador, Venezuela y Brazil. También hay entre 8 a 9 vuelos diarios a Iquitos desde Lima y otros a Pucallpa y Tarapoto.
Vía marítima
en la ciudad se encuentra una de los puertos más grandes de Latinoamérica, el Puerto de Iquitos es un punto de interés para el movimiento comercial de la ciudad y se puede llegar desde cualquier puerto navegable peruano o extranjero en el río Amazonas. Los principales puertos fluviales desde donde parten embarcaciones hacia Iquitos son Pucallpa, Yurimaguas y Santa Rosa.
Vía terrestre
Se suele considerar a la ciudad como inaccesible por esta vía (está rodeada por bosques ) ya que sólo posee la ruta LO-103 que la une a Nauta (a 105 km al sur), y con innumerables pueblos al norte de la ciudad hasta llegar remotamente al a Putumayo.
Tren
Se planifica una futura red que conectaría Iquitos-Yurimaguas.
IMPORTANTE: las compras realizadas con tarjetas de crédito argentinas, se pagan en pesos argentinos a la cotización del "dólar tarjeta / turista"