La historia de Oaxaca empieza mucho antes de los españoles, alrededor del año 500 antes de Cristo, cuando los zapotecos fundan Monte Albán. Aplanaron la cima de un cerro en el cruce de los tres brazos del valle y levantaron ahí una ciudad de plazas, templos y observatorio, con una posición que dominaba visualmente todo el territorio. Fue una de las primeras verdaderas ciudades de América y desarrolló escritura y calendario propios.
Durante más de mil años Monte Albán fue la capital política de la región, hasta que se apagó. Llegó a concentrar decenas de miles de habitantes y a controlar los valles centrales enteros, y alrededor del año 800 después de Cristo fue perdiendo población hasta quedar abandonada como centro de poder, por razones que todavía se discuten. El valle se fragmentó entonces en señoríos más chicos, con Mitla y Zaachila entre los principales.
Siglos más tarde llegaron los mixtecos desde el noroeste y reutilizaron el cerro como cementerio de élite. De esa etapa viene el hallazgo más famoso del sitio: la Tumba 7, excavada en 1932, con un ajuar de cientos de piezas de oro, turquesa, jade, cristal de roca y hueso tallado. Ese tesoro, que hoy se exhibe en el ex convento de Santo Domingo, es una de las colecciones de orfebrería prehispánica más importantes del continente.
Los mexicas llegaron poco antes que los españoles y dejaron el nombre. Instalaron una guarnición militar en el valle para controlar la ruta comercial hacia el sur, en un lugar que llamaron Huaxyácac, que quiere decir algo así como en la nariz de los guajes, por el árbol que crecía ahí. De esa palabra náhuatl, castellanizada con el correr de los años, salió el nombre actual de la ciudad y del estado.
La ciudad española se fundó en 1529 con el nombre de Antequera y creció rápido. Recibió el título de ciudad pocos años después por cédula del rey, en medio de un pleito con Hernán Cortés, que tenía sobre esta zona el título de Marqués del Valle de Oaxaca y pretendía las tierras. Los dominicos llegaron enseguida y levantaron el gran conjunto de Santo Domingo y una cadena de conventos por todo el valle.
Del siglo XIX salieron los dos presidentes mexicanos más influyentes, y los dos eran de acá. Benito Juárez, zapoteco nacido en un pueblo de la sierra, encabezó la Reforma liberal y la resistencia contra la intervención francesa; Porfirio Díaz, también oaxaqueño, gobernó el país más de tres décadas. En homenaje al primero, la ciudad pasó a llamarse oficialmente Oaxaca de Juárez en 1872. Más en historia de Oaxaca.
El siglo XX trajo un terremoto y, después, el renacimiento cultural que explica el Oaxaca de hoy. El sismo de 1931 dañó buena parte del centro y obligó a una reconstrucción larga de iglesias y casonas. Décadas más tarde, un movimiento de artistas locales —con el pintor Francisco Toledo como figura central— peleó por recuperar el ex convento de Santo Domingo, fundó bibliotecas, museos y talleres gráficos, y frenó obras que amenazaban el casco histórico.
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